La gestione magazzino di Jerp è stata concepita per rendere rapida la gestione usuale ma anche per adattarsi a numerose particolarità.

I movimenti di magazzino vengono creati con una causale che ne condiziona il comportamento. La maggior parte delle movimentazioni derivano dagli altri moduli per esempio creando una accettazione una consegna o confermando un ordine di produzione la movimentazione merce è automatica.

Ogni articolo in ogni magazzino ha la giacenza liberamente utilizzabile, in controllo qualità o bloccata. E' possibile trasferire lo stock da uno stato all'altro.

I codici articolo possono essere creati manualmente o generati a partire da un modello. Specifico i dati varianti, il sistema genera i codici in modo incrementale. Nel codice articolo è possibile indicare le modalità di gestione.

Ogni volta che viene effettuata un entrata merce il sistema crea un lotto. Il sistema genera un codice lotto interno e permette di inserire il codice lotto del fornitore. Il sistema calcola la data di scadenza in funzione dei dati anagrafici. Quando la merce viene consumata il sistema chiede di specificare il relativo lotto. Nel consumo per produzione il sistema propone il lotto più vecchio.

Il sistema effettua la tracciabilità completa, i lotti in ingresso vengono tracciati fino alle spedizioni passando per la produzione. Viceversa è possibile sapere quali lotti di materie prime sono contenuti in un lotto spedito o prodotto.

Ogni volta che si versa a magazzino un codice gestito con i numeri di serie è necessario indicare anche i singoli numeri di serie. Il sistema può generarli se necessario (versamento da produzione). Ogni volta invece che si effettua una uscita il sistema richiede anche i numeri di serie.

Gli articoli gestiti a taglia/colore richiedono di specificare quali taglie e colori vengono movimentati. Le taglie ammesse dipendono dal profilo taglie(cartella taglie) legato al codice articolo i colori ammessi invece vengono indicati in una opportuna scheda del codice articolo. E' possibile la sola gestione per taglie. La gestione delle taglie e colori è trasversale al sistema dalle vendite agli acquisti.

Jerp integra un configuratore che permette di gestire diverse varianti di un prodotto senza doverle codificare. Ogni articolo configurabile contiene un profilo che consente di definire quali varianti sono ammesse. Ogni variante può essere tabellata o libera.

Jerp semplifica la gestione di alcune tipologia di giacenza: conto lavoro, stock di commessa, conto deposito e visione.

In tutti i casi non è necessario codificare magazzini aggiuntivi. Ad esempio il fatto stesso di creare un codice fornitore permette di gestire la merce inviata in conto lavoro. La stessa cosa accate per lo stock di commessa.